Es gilt die Maxime, den Soldaten im Falle einer Erkrankung, eines Unfalles oder einer Verwundung im Auslandseinsatz eine medizinische Versorgung zuteil werden zu lassen, die dem fachlichen Standard in Deutschland entspricht. Dieser Anspruch gilt für das gesamte Spektrum medizinischer Versorgungsleistungen. Die zunehmende Zahl von Auslandseinsätzen wirkt sich natürlich vor allem auch in diesem personell relativ kleinen Organisationsbereich der Bundeswehr aus.
Seit vielen Jahren scherzen Soldaten, dass sie sich wohl für eine optimale sanitätsdienstliche Versorgung freiwillig in einen der Auslandseinsätze melden müssten. Die Personalsorgen im Bereich des Sanitätsdienstes sind aber weitaus größer. Auch im Zeitalter von Gesundheitsreform und Ärztestreiks zieht es viele spezialisierte Mediziner der Bundeswehr, also Fachärzte, zu Kliniken in den zivilen Bereich. Schon seit einigen Jahren tauchen regelmäßig Meldungen in der Presse auf, dass beispielsweise Kapazitäten von Operationssälen nicht genutzt werden können, da das notwendige Fachpersonal fehle. In der aktuellen Umstrukturierung werden bis 2010 drei Bundeswehr-Krankenhäuser geschlossen (Hamm, Leipzig und Amberg).

Retter der Bundeswehr waren es auch, die bei der Tsunami-Katastrophe an Weihnachten 2004 umgehend aufbrachen, um schwerstverletzte Staatsbürger nach Deutschland auszufliegen. Eine außergewöhnliche Hilfsleistung erbrachten die Männer und Frauen der Bundeswehr-Sanität auch im Jahr 2008, als mit dem Betrieb eines mobilen Operationszentrums (MOPZ) nach einem Brand im OP-Bereich des Klinikums Konstanz über ein halbes Jahr der Betrieb aufrechterhalten werden konnte.
In der Führung unterstehen dem Sanitätsamt in München und dem Sanitätsführungskommando in Koblenz neben Ausbildungseinrichtungen vier Sanitätskomandos in Kiel (Schleswig-Holstein), Dietz (Nordrhein-Westfalen), Weißenfels (Sachsen) und Bogen (Bayern). Hier wiederum werden die einzelnen Standortsanitätszentren mit ihren Außenstellen und die Bundeswehr-Krankenhäuser verwaltet und geführt.