„Damit die Soldaten ein besseres Verständnis für die jeweils anderen Marinen entwickeln können", sagt Fregattenkapitän Olaf Albrecht zu einem der Ziele der Übung. Er ist im Marinehauptquartier der Deutschen Marine in Glücksburg für die Übungsplanung zuständig. Während des Manövers wurden unter anderem die Luftabwehr, die U-Boot-Abwehr und das sogenannte Boarding geübt. Es gehe, wie bei vielen Übungen, vor allem um den richtigen Umgang mit sogenannten asymmetrischen Bedrohungen, wie zum Beispiel der Abwehr von Speed-Boot-Angriffen und der Bekämpfung von Schmuggel, sagte der Offizier vor Übungsbeginn. Das Übungsgebiet von " BaltOps 2009" erstreckte sich in der Ostsee zwischen der schwedischen Küste und dem dänischen Bornholm.
Trotz der zahlreichen Marineschiffe sollte der zivile Fischerei- und Handelsschifffahrtsverkehr möglichst nicht beeinträchtigt werden. Im Gegenteil: Die Ostseeschifffahrtsrouten sollten sogar sicherer gemacht werden.